Botanický ústav Akademie věd ČR v Průhonicích působí na dvou odloučených pracovištích přímo navazujících na Průhonický park. Vedení ústavu, reprezentativní prostory, knihovna, provozní zázemí a část vědeckých oddělení je umístěno přímo v prostorách Průhonického zámku.

Druhé pracoviště je situováno jihovýchodně na území Chotobuz, kde se nachází převážně pěstební plochy, skleníky a pracoviště vědeckých oddělení. V blízkosti zámku je také umístěno jedno z hlavních pracovišť herbária.